A Honos évelőgyűjtemény része a Növénytani Tanszéken évtizedek óta folyó szaporodásbiológiai kutatásoknak. Az eredeti élőhelyekről gyűjtött szaporítóanyagból felnevelt növények a botanikus kertekben az ex situ megőrzési programok részét képezik. A Soroksári Botanikus Kert elsősorban a pannon flóratartomány védett növényfajaihoz kapcsolódó kutatási programokban vesz részt. Ezek közé tartozik a Plantago maxima, a Linum flavum, és a homoki fajok mint,kései szegfű (Dianthus serotinus), homoki (Astragalus varius), a szártalan (A. exscapus) és az érdes csüdfű (A. asper) valamint a homoki vértő (Onosma arenaria). További évelő növényfajok, amelyekből nagy egyedszámú gyűjtemény található a Kertben (több közülük ma már védett vagy veszélyeztetett): magyar zergevirág (Doronicum hungaricum), erdei szellőrózsa (Anemone sylvestris), mecseki pünkösdirózsa (Paeonia officinalis subsp. banatica), fekete zászpa (Veratrum nigrum), nagyvirágú méhfű (Mellitis carpatica), farkasölő sisakvirág (Aconitum vulparia), fekete- és leánykökörcsin (Pulsatilla grandis, P. nigricans), pirítógyökér (Tamus communis), színeváltó kutyatej (Euphorbia polychroma), az őshonos zsályafajok: mezei (Salvia pratensis), osztrák (Salvia austriaca), bókoló (S. nutans), magyar (S. aethiopis), és enyves zsálya (S. glutinosa).